L'ensemble architectural du XVIIIe siècle

En ce qui concerne l'aspect extérieur de la basilique, l'Époque moderne n'amène pratiquement pas de changement exceptée la suppression du mausolée des Valois qui, pour avoir menacé la stabilité de l'église, dut être démantelé.

Par contre, le monastère médiéval succombe à un ambitieux programme de reconstruction des bâtiments communautaires qui seul laisse subsister, un certain temps, le pavillon du trésor. Le plan du monastère reconstruit se présente comme un grand quadrilatère se développant autour d'un cloître avec deux ailes en retour au sud. Dans les angles formés par ces ailes, deux pavillons abritent respectivement les cuisines à l'ouest et un grand escalier à l'est. La façade ouest présente au centre une avancée polygonale, couverte d'un toit en dôme. De nos jours, le monastère du XVIII^e siècle, a conservé, extérieurement, son aspect d'origine. Lors des remaniements consécutifs à son affectation à la Maison d'éducation de la Légion d'honneur, on supprima un pavillon qui, côté église, abritait l'escalier de nuit des dortoirs à l'étage ainsi qu'un passage couvert qui mettait l'allée nord du cloître en communication directe avec le chœur des moines.

Au nord de la basilique, les églises Saint-Pierre, Saint-Michel-du-Charnier et La Madeleine subsistent en l'état. Plus à l'ouest, les églises Saint-Michel-du-Degré et Sainte-Geneviève sont reconstruites sous la forme d'une église nouvelle, placée sous le vocable des Trois-Patrons. Comme une partie de l'abside et un pan du mur nord de cet édifice subsistent toujours en élévation, intégrés dans le bâtiment administratif de l'hôtel de ville, il est relativement aisé de restituer cette église qui se présentait comme une nef unique, ouvrant, à l'est, sur un chœur en hémicycle de même largeur. L'église longue de sept travées laisse subsister, en façade ouest, le clocher-porche de Sainte-Geneviève.