لا تزال ظروف تدمير المدينة الثانية غامضة: دمرها الملك الأكادي سرجون عام ٢٣٠٠ (وحسب تحليلات أخرى هو نارام-سين) وعين بناته كاهنات فيها وولى عليها حاكم أو شاكاناك، الاسم الذي بدأ يطلق على السلالة الحاكمة التي قامت ببناء المدينة الثالثة.
استمرارية البنية التحتية الحضرية
بقي المستوى العام والنظام المائي وشبكة الطرق كما كانت في السابق وكذلك الأساسات الموزعة للمباني. تمت تقوية جدار المدنية وبني سور دفاعي حقيقي فوق الحاجز الأصلي، والذي تحول فيما بعد إلى متراس مع منحدر داخلي.
تحول المباني الكبيرة
مع اختفاء بعض معابد وسط المدينة كمعبد نيني-زازا مثلا، أعيد بناء اخرى وفق طرق جديدة. وكذلك أنشأت مسطبة صغيرة لتكمل معبد شمش، بينما ألحقت شرفة أخرى بالمعبد الجديد المكرس لإله المدينة الذي بني ليستبدل معبد المدينة الثانية الكبير "الورشة"، وفي مكانه ايضاً تم بناء القصر الملكي الكبير (٢,٥ هكتار) والذي يحتوي على جميع الخصائص المميزة لسلالة أور الثالثة والسلالات الأمورية: غرفة العرش المستوحاة من شكل المعابد الرافدية الكبرى، وهي مقر الإقامة الملكية ومسكن الحريم، لكن قطاع المعابد يرث قدسية المعبد الكبير في المدينة الثانية.
المستجدات المعمارية
أضفى قصر ثان أصغر حجما بصمته على المدينة الثالثة. فهو تابع للملك لكن وظيفته الأساسية هي إيواء المقابر الملكية التي لا يمكن كما جرت العادة ان توضع تحت غرفة العرش بسبب القدسية التي تحيط بإرجاء القصر الكبير: كان من المستحيل ان يتجاور الموت مع الآلهة.
وقد ضمت المدينة مساكن كبيرة أخرى جديدة، ومع ذلك لم يتم العثور على المساكن العادية من فترة ما بعد الحريق الذي تسبب به حمورابي في عام ١٧٦٠، بسبب التآكل القوي الذي حدث في المنطقة المحيطة بمعالم القصر.
