كشفت الحفريات عن أكثر من ألف قبر يضم لقى استثنائية وخصوصاً الحلي الرائعة، ويعود جزء كبير منها إلى ما بعد تاريخ المدينة نفسها أي إلى العصر الآشوري الوسيط.
قبور المدينة الأولى
منذ بداية المدينة تم دفن بعض الأموات تحت أرضية منازلهم. وكشفت التنقيبات عن قبور رائعة مبنية من الطوب النيء في مستويات المدينة الأقدم. وضمت القبور أدوات فخارية بالاضافة الى اللقى المصنوعة من النحاس واللازورد والعقيق والذهب. واكتشفت أيضاً قبور حجرية هامة في المستويات الاخيرة للمدينة الاولى، هي مدافن مقببة تضم لقى مادية وفيرة.
مدافن المدينة الثانية غير معروفة، وهي في الغالب عبارة عن دفن مباشر في التراب او ضمن جرار فخارية. كما لايعرف المكان الذي دفن فيه ملوك ماري من هذه الفترة.
قبور المدينة الثالثة
قبورالمدينة الثالثة هي الأفضل تمثيلاً في ماري. واكتشفت مجموعة كبيرة من القبور المتنوعة من هذه الفترة: ضمن توابيت وجرار فخارية وقبور مشيدة. وفي كثير من الأحيان كانت القبور متكررة الدفن على عدة اجيال، وهي بمثابة مدافن عائلية حقيقية، سمحت الدراسة الانتربولوجية من دراسة مختلف السمات فيها، واحتوت القبور على أثاث جنائزي وفير.
من بين القبور الأكثر روعة قبر أمرأة كانت لها مكانة بارزة في مجتمع الـ شاكاناك نظراً للحلي التي رافقتها. كما اكتشف أيضاً تحت القصر الشرقي الصغير مدفنين (قبوين) ملكيين مقببين ومشيدين بالطوب المشوي ولكنهما للاسف نهبا.
