قدمت بابل القديمة وثائق كتابيةً كثيرة حتى عام ١٨٩٠، إلا أنها كانت خارج سياق أثري حقيقي وبقي تنظيمها العمراني غامضاً.
عندما قرر الإمبراطور الألماني غليوم الثاني تأكيد وجوده في الشرق الأدنى العثماني من خلال تأسيسه لـ الجمعية الألمانية للدراسات الشرقية عام ١٨٩٨، تم اختيار بابل لتكون واحدة من المواقع الأثرية الرائدة لهذه المؤسسة الدبلوماسية والثقافية.
قامت البعثة الأثرية الألمانية بقيادة روبرت كولدفاي بالتنقيب في بابل بشكل دوري تقريباً بين عامي ١٨٩٩ و١٩١٧، وكانت أعمالها على أثار بلاد الرافدين القديمة تقوم على إجراء مسوحات منهجية للمعالم المنقبة. استفاد كولدفاي من معارفه في الآثار والهندسة والعمارة والتخطيط المدني، في إعادة بناء جزء من تضاريس المدينة البابلية الواقعة على الضفة اليسرى لنهر الفرات.
قام علماء الآثار الألمان بتنقيب القطاع الشمالي من المدينة، وقد وصلوا في بعض الأماكن إلى عمق ٢٠ مترا، ولا سيما القصر الملكي وبوابة عشتار، والعديد من المعابد، وجزء من الأسوار، وبقايا الجسر. لكنهم لم يتمكنوا إلا من ملاحظة برج بابل الذي تحول إلى كومة بارتفاع بضعة أمتار. وإلى جانب ذلك، منعت أي حفريات واسعة النطاق على تل عمران بن علي بسبب وجود مبنى ديني حديث عليه، تحول مقصداً للزائرين، وفي هذا التل يقع معبد إيساجيل المكرس للإله مردوخ.
ومع ذلك ظلت بعض تفسيرات كولدفاي تعتمد بشكل كبير على قراءته لهيرودوت: كان يعتمد كولدفاي دائماً على المؤلف اليوناني حين كان يشير إلى هذا الأثر أو ذاك، على الرغم من أنه منهجيته الخاصة كانت تظهر استحالة بعض هذه التأكيدات حول اتساع المدينة أو ارتفاع أسوارها.
إيكهارد أونجير بعنوان (بابل، المدينة المقدسة حسب وصف البابليين) Babylon, die heilige Stadt nach der Beschreibung der Babylonier وكان هذا العمل يقاطع النتائج الأثرية مع المعطيات الكتابية، المسمارية والأغريقية-الرومانية.