Depuis sa fondation, la mosquée a fait l’objet de nombreux aménagements successifs, et rares sont les parties originelles. Néanmoins, son plan est celui qui fut élaboré au VIIIe siècle.
Les travaux préparatoires
Lorsque al-Walîd ordonne qu’une grande mosquée monumentale soit érigée en 705, les murs du temple sont débarrassés de l’ensemble des aménagements qu'ils contenaient pour servir d’enceinte au nouvel édifice. Les quatre tours d’angle et les trois accès monumentaux au nord, au sud et à l’est sont également conservés et intégrés à l’édifice.
La salle de prière originelle
La salle de prière, qui occupe près de la moitié de l’enceinte du temple, s’appuie contre son mur sud. Elle présente trois nefs parallèles au mur de qibla, interrompues par une nef transept menant au mihrâb principal situé au centre du mur sud. Les reliques de saint Jean-Baptiste sont intégrées à ce plan : conservées dans un reliquaire, elles sont visibles dans la partie orientale de la salle de prière. La toiture de la salle de prière est portée par deux séries superposées d’arcs reposant sur des colonnes. La toiture du transept est plus haute, et une coupole, à l’origine en bois, soulignait la croisée de cette nef perpendiculaire avec la nef centrale.
L'architecture de la cour
Tout autour de la cour se déploie un portique alternant deux colonnes pour un pilier. Cette alternance se retrouve sur la façade de la salle de prière. Le long des murs d’enceinte est et ouest, deux vestibules sont aménagés au débouché des portes. Ils ouvrent sur le portique et sont bordés de deux halls. Un premier minaret est aménagé contre le mur d’enceinte nord, minaret dit de la mariée.
