Lorsque Napoléon III charge la Commission de Topographie des Gaules (CTG) de mener des fouilles archéologiques à Alise-Sainte-Reine en mai 1861, la bataille académique autour de la localisation d'Alésia fait déjà rage depuis 6 ans.
Un contexte propice
La querelle d'Alésia s'inscrit dans un contexte bien particulier. Les Gaulois sont à la mode depuis les années 1830. Les succès éditoriaux des frères Thierry (L’Histoire des Gaulois depuis les temps les plus reculés jusqu’à l’entière soumission de la Gaule à la domination romaine, 1828) et d'Henri Martin (Histoire de France, 1833) ont fait de Vercingétorix un personnage historique, premier héros de l'histoire nationale. Connaître le lieu de son dernier combat revient à faire la lumière sur un mythe fondateur de l'histoire de France.
Des fouilles considérables mais mal publiées
Les fouilles napoléoniennes du site d'Alise-Sainte-Reine ont mobilisé des moyens très importants. Entre mai 1861 et septembre 1862, l'argent est versé par la CTG via le ministère de l'Instruction publique, mais aussi directement par l'empereur. Jusqu'à cent ouvriers sont engagés sur le chantier. Eugène Stoffel, officier d'ordonnance de Napoléon III, prend ensuite la tête des opérations en septembre 1862 et les dirige jusqu'en 1865. Au cours de cette seconde phase, le budget provient uniquement de la cassette impériale. Malgré cette implication humaine et ces investissements financiers, les résultats des fouilles sont peu publiés.
Au cours de ces quatre années de recherches, les savants se heurtent à nombre de problèmes : difficulté à s’éloigner du texte de César, incapacité technique à réaliser de vastes décapages en aire ouverte, terrains où se mêlent des structures d'époques très différentes.
Les fouilles franco-allemandes menées dans les années 1990 sur le site ont montré la qualité de ces premiers travaux. Les lignes de siège romaines, relevées et dessinées au XIXe siècle ont, par exemple, été confirmées par la photographie aérienne.
Un premier musée à Alise-Sainte-Reine
Napoléon III ne s'est pas contenté de financer et de suivre personnellement ces fouilles, il met en œuvre une polique patrimoniale.
Une partie du mobilier archéologique exhumé par les fouilles prend place dans un musée construit entre 1861 et 1862, et financé par l'empereur. Son organisation est confiée au général Casimir Creuly, membre de la CTG. Napoléon III commande aussi au sculpteur Aimé Millet une statue de Vercingétorix érigée sur le Mont-Auxois en 1865. Enfin, il ordonne l'installation sur le site de bornes qui indiquent la place et la direction des lignes de siège romaines reconnues.
