Ancien élève de l’ENS et de l’École française de Rome, Hilaire Multon est docteur en Histoire, spécialiste du XIXe siècle. Conseiller du Ministre de la Santé et des Solidarités (2004-2005), il a rejoint le Centre d’Analyse et de Prospective du ministère des Affaires étrangères (2005-2007) parallèlement à son activité de chercheur et d'universitaire. De 2007 à 2010, il a été Directeur délégué du Centre culturel français de Turin.
Il a ensuite été conseiller auprès de Frédéric Mitterrand, ministre de la Culture et de la Communication, en charge des discours puis des patrimoines, des musées, des archives, de l'histoire de l'art et de la mémoire.
Il dirige depuis 2012 le Musée d’Archéologie nationale – Domaine national de Saint-Germain-en-Laye.