Baybars entreprit la remise en défense du château immédiatement après sa conquête afin de s’assurer qu’il puisse résister à une contre-offensive croisée depuis Tartous ou Tripoli, mais aussi pour le doter du matériel de guerre nécessaire à ses futures campagnes militaires. À de nombreuses reprises, il se rendit au Crac pour inspecter le bon déroulement des travaux ; plusieurs inscriptions témoignent de la progression du chantier qui s’est poursuivi après sa mort en 1278.
La régression des fonctions militaires
À la fin du XIIIe siècle, une fois la menace croisée définitivement écartée, la forteresse perdit en partie sa fonction militaire pour devenir un chef-lieu administratif de la province mamelouke de Tripoli. Cette évolution eut des répercussions sur ses programmes architecturaux destinés à en augmenter la capacité d’accueil des troupes.
Des habitations et des lieux de réception virent alors le jour.
Au milieu du XIVe siècle, le château hébergeait toujours une garnison comme l’indique un décret militaire daté de 1345 gravé au-dessus de la porte d’entrée.
Hautes figures du Crac mamelouk
Durant ces années, deux grands dignitaires mamelouks se sont illustrés par leur implication dans la transformation du Crac : l’émir Sayf al-Dîn Balaban al-Tabakhi entre 1280 et 1295, et l’émir Baktamar ibn ʿAbd Allah al-Khazindâr après 1319. Le premier fit du Crac une place de premier plan pour les opérations de reconquête des territoires latins. Le second, Al-Tabakhi, résida pendant près de quinze ans dans le château, où il accueillit à plusieurs reprises le sultan Qalâwûn.
