Le mode de fonctionnement hiérarchique de l’ordre se refléterait dans la distribution du donjon construit au sud du noyau originel.
Au premier étage, faisant corps avec la tour orientale, une vaste salle voûtée d’arêtes retombant sur de forts piliers quadrangulaires aurait pu faire office de dortoir pour les moines-soldats si elle n’était pas dépourvue de latrines ; les salles des niveaux supérieurs étaient sans doute réservées aux dignitaires : un dortoir aurait occupé la tour sud-est et une salle d’apparat la tour sud. Encore plus à l’écart se tenait la tour sud-ouest dans laquelle on pense pouvoir identifier le « logis du châtelain » ou le « logis du maître ». Cette tour circulaire, à trois niveaux desservis par un escalier en vis, présente au deuxième niveau une élégante salle ronde voûtée d’ogives qui retombent sur des chapiteaux ornés de feuillages. Plusieurs baies éclairent cette chambre qui pouvait recevoir le grand-maître de l’ordre lors de ses séjours.
