La microfaune est abondante dans le site.
Batraciens, reptiles et oiseaux
Les batraciens indiquent clairement la proximité du Verdouble. Les reptiles présentent un caractère méditerranéen et illustrent les refroidissements et le caractère sec de certains niveaux ; les passereaux les mieux représentés dans tous les niveaux sont les oiseaux de rochers ainsi que les perdrix, inféodés à des climats plutôt méditerranéens. Toutefois, de nombreux oiseaux ont été tués lors des passages migratoires dans la vallée de Tautavel. Les canards sont assez rares.
Rapaces et rongeurs
Les rapaces diurnes et nocturnes sont abondants en nombre d’espèces : ils représentent toutes leurs niches écologiques, les rapaces d’altitude, les rapaces méditerranéens (aigle de Bonelli), ubiquistes (aigle royal, vautours, buses, etc.) et les rapaces des zones septentrionales comme la chouette Harfang ou la chouette de Tengmalm. L’analyse des ossements de rongeurs montre qu’ils ont été rapportés dans la grotte par ces rapaces. Ils correspondent à plusieurs biotopes autour de cet abri. Les rongeurs nous apportent les indications précisent sur la biochronologie. En effet, contrairement aux autres espèces, certaines familles de rongeurs présentent une évolution importante durant tout le Quaternaire. Certaines espèces découvertes à la Caune de l’Arago ont disparu depuis, comme Pliomys lenki et Pliomys episcopalis. L’originalité des niveaux du complexe inférieur et du sol G réside dans le fait que les rongeurs méditerranéens y côtoient des espèces actuellement connues dans les steppes d’Asie centrale, comme le hamster migrateur, ou bien clairement arctiques, comme les lemmings. Ceci illustre bien les phases de migrations importantes, à l’échelle du continent asiatique, pendant les phases glaciaires du Pléistocène.
