De par sa localisation, au carrefour de quatre niches écologiques, la Caune de l’Arago présentait des avantages indéniables pour la chasse.
Elle constituait également un habitat privilégié. En effet, la paroi sud exposée au soleil pendant toute la journée accumulait la chaleur et la restituait à ses occupants pendant la nuit. Cette particularité ne devait pas être un mince avantage pour des hommes qui n’avaient pas encore découvert le feu. La grotte était en outre spacieuse : elle mesurait une centaine de mètres (contre 40 mètres seulement aujourd’hui) de longueur sur une dizaine de mètres de large.
Une importante accumulation de sédiments, qui atteint plus de 15 mètres d’épaisseur, a comblé une grande partie de la grotte et en a obstrué complètement les régions les plus profondes. La fouille, conduite depuis plus d'une cinquantaine d’années, a livré une quantité considérable d’ossements, d’outils et de pierres, témoignages de nombreux sols d’habitats préhistoriques.
