À partir de 1983, une fouille programmée a été entreprise sur le site appartenant à l’État. Placée dès le départ sous la direction scientifique de chercheurs de l’UPR 290 du CNRS (aujourd’hui UMR 5140—CNRS, Ministère de la Culture, Université Montpellier III, INRAP), elle s’est poursuivie jusqu’à aujourd’hui sous la forme de programmes triennaux engagés dès 1986.
D’emblée, l’équipe a choisi de planifier ses interventions sur le terrain sous la forme de programmes de recherche multiples et parallèles, envisageant à chaque étape des problématiques spécifiques, d’abord parce que le site semblait d’une superficie importante, ensuite parce que les premières interventions avaient révélé une puissante stratigraphie variant de 3 à 5 mètres d’épaisseur. C’est ainsi qu’au fil des ans, on a abordé des thèmes complémentaires mais aussi divers que l’organisation de la trame urbaine, la voirie, l’urbanisme ancien, l’urbanisme récent, la stratigraphie de la ville, les unités d’habitation, les techniques constructives, la fortification et son évolution, les structures portuaires, l’évolution à la période romaine, l’environnement et le milieu de la cité.
En 2007 a été réalisée la 25e année de fouille programmée sur le site.
