منذ تأسيسه، شكل الجامع موضوع عمليات إعادة تأهيل متتالية بحيث أصبحت الأجزاء الأصلية فيه نادرة. لكنه ما يزال يحتفظ بمخططه الأصلي الذي صُمم في القرن الثامن.
الأشغال التحضيرية
عندما أمر الوليد عام ٧٠٥ ببناء مسجد ضخم، تم التخلص من جميع التجهيزات الخاصة بجدران المعبد لاستخدامها كقاعدة رئيسية للبناء الجديد. من ناحية أخرى، تم الاحتفاظ بأبراج الزاوية الأربعة والمداخل الضخمة الثلاثة في الشمال والجنوب والشرق وتم إدراجها هي أيضاً في البناء الجديد.
الحرم الأصلي
يحتل الحرم حوالي نصف نطاق المعبد وهو يرتكز على حائطه الجنوبي. تتضمن القاعة ثلاثة ممرات موازية لحائط القبلة يعترضها ممر آخر يؤدي إلى المحراب الرئيسي الواقع في وسط الحائط الجنوبي. كذلك، شكل ضريح القديس يوحنا المعمدان جزءاً من الأعمال حيث احتُفظ برأسه في صندوق يمكن رؤيته في الجزء الشرقي من الحرم. أما سقف القاعة فيرتكز على سلسلتين متراكبتين من العقود المستندة إلى عدة أعمدة. إن سقف المجاز القاطع أكثر ارتفاعاً حيث تُظهر قبةً بُنيت أساساً بالخشب، التصالب المتعامد بين هذا الممر العرضي والممر المركزي.
هندسة الفناء
يمتد حول الفناء رواق يتناوب فيه عمودان مقابل دعامة ويتكرر هذا التناوب على واجهة الحرم. من جانب آخر، تم إنشاء ردهتين على طول جدران النطاق الشرقي والغربي، عند منفذ الأبواب. تطل هاتان الردهتين على الرواق ويحيط بهما بهوان. كذلك، نُصبت مئذنة أولى على حائط المبنى الشمالي عُرفت بمئذنة العروس.
