كانت الكنيسة تشكل عنصراً أساسياً لا غنى عنه في الحياة الروحية للجماعة، حيث أن الصلاة كانت توفّر خلفية دورية متعاقبة لإيقاعات الحياة اليومية. تقع كنيسة قلعة الحصن في الشمال الشرقي من المبنى الأصلي. من الناحية الشرقية، يمكن رؤيتها من الخارج من خلال حنية المذبح البارزة ذات الزوايا المشطوفة والمبنية من حجارة منحوتة بشكل جميل على شكل حدبات مُجَدولة.
وكانت عدة أبواب تؤدي إلى داخل مبنى الكنيسة. لم تكن البوابة الغربية مزودة بعناصر تزيينية فاخرة في حين أن باباً آخر كان يطل على الناحية الجنوبية الشرقية تحت شرفة تصل بين الكنيسة والقاعة الكبرى في الناحية الشرقية. وهناك باب ثالث في الناحية الشمالية كان يطل على القاعة التي لها شكل حلقي.
في الداخل، تمتد الكنيسة على مساحة حوالي ٢١ متراً طولاً و٨ أمتار عرضاً وهي مؤلفة من مجاز مركزي تعلوه قبوة بشكل عقد مكسور. وينفتح قوس مكسور على صدر الهيكل بشكل ربع كروي.
أما المساحة الداخلية فتتخذ مظهراً موحداً بفضل الكورنيش الذي يمتد على كامل جدار المبنى على مستوى ارتفاع دعامات الاستناد. وكان النور يتسلل إلى الكنيسة عبر كوة في جدار المذبح الرئيسي وأخرى مفتوحة فوق باب المدخل كما عبر نوافذ مفتوحة عند قاعدة القبة من كل جانب من جواتب الكنيسة.
أما الجدران الجانبية فقد خفت ضخامتها بانشاءأقواس كبيرة منكسرة مشيدة بأسلوب يذكّر بالعمارة الرومانية البروفنسية.
