Deux programmes de recherche relatifs à “L’écologie microbienne de la grotte de Lascaux” ont été mené. Le premier de 2009 à 2011 et le second de 2014 à 2017.
Le premier programme, 2009-2011
Arrivé à son terme fin 2011, le programme relatif à “L’écologie microbienne de la grotte de Lascaux” conduit par l’Institut National de la Recherche Agronomique de Dijon et l’Instituto de Recursos Naturales y Agrobiologia de Séville, a fait l’objet d’une évaluation par les membres du conseil scientifique. Destiné à mieux connaître le paysage microbiologique de la grotte, ce programme faisait appel à des spécialistes de différentes institutions, favorisant ainsi les échanges scientifiques.
Le second programme, 2014-2017
Compte tenu de l'intérêt de ces travaux, le Conseil scientifique a souhaité que cette approche fine de l’écosystème soit poursuivie. Sur la base du cahier des charges établi par le Conseil scientifique, la Conservation régionale des monuments historiques d'Aquitaine a lancé un appel d'offres en janvier 2013, en vue de recruter le coordinateur d’un nouveau programme relatif à “L’écologie microbienne de la grotte de Lascaux”. Le marché a été attribué au Professeur Yvan Möenne-Loccoz, microbiologiste, directeur de l'UMR CNRS écologie microbienne, à l'université de Lyon 1.
Dans la continuité de ce qui avait été initié lors du précédent programme de recherche, la démarche développée vise à prendre en considération l’ensemble des communautés microbiennes et leurs équilibres pour agir sur le biotope qui favorise l’apparition de déséquilibres plutôt que d’éliminer les espèces apparemment dominantes. Ce programme devrait déboucher sur une meilleure compréhension des micro-organismes responsables des contaminations visibles à travers la caractérisation des agents producteurs des taches et leur caractérisation biochimique.