Le 3 septembre 1991, Henri Cosquer déclare l'existence de la grotte à l'administration (DRASSM). Cette déclaration fait suite à un triple accident de plongée mortel, deux jours plus tôt. Toutefois, des publications de plongeurs mentionnent la grotte dès les années 1970. 

Les calanques, un site géologique idéal

La grotte Cosquer est située sur la commune de Marseille (Bouches-du-Rhône), sur le littoral du parc national de Calanques, entre les villes de Marseille au nord-ouest, d’Aubagne au nord-est et de Cassis à l’est. Elle est insérée entre les épais bancs de calcaire urgonien du cap Morgiou, entre le mont Puget (563 m) et les monts de Marseilleveyre (432 m), au lieu-dit la Pointe de la Voile. Cette zone de falaises abruptes plongeant dans la mer regorge de cavités émergées et sous-marines.

L’accès actuel à la grotte Cosquer se fait par une entrée (l’entrée originelle) située à 37 m de profondeur et en suivant un boyau remontant submergé qui débouche sur la « plage » de la Salle 1.

Un milieu riche et diversifié

Le cap morgiou, dans lequel se développe la grotte, forme un long éperon rocheux recouvert d’une rare garrigue où domine le chêne kermès (Quercus coccifera) et le pistachier thérébinthe (Pistachia terebintus). Il surplombe la mer sur trois côtés et sépare les calanques de Sormiou et Morgiou. Ses hautes falaises plongent verticalement dans la Méditerranée. La côte montagneuse des Calanques est doublée au sud par l’archipel des iles de Riou. Lors de la dernière glaciation (au maximum de la régression würmienne), alors que le rivage se trouvait à dizaine de kilomètres au sud, l’étendue entre ces deux massifs formait un plateau steppique clos sur trois côtés. Ce plateau totalement émergé à l'époque, ouvert au sud-est, était propice aux grands herbivores (chevaux, bisons, aurochs, cerfs élaphes, mégacéros) et à leur chasse. Les massifs de Marseilleveyre, de Saint-Cyr et de Puget, qui surplombent aujourd’hui le littoral, étaient alors des montagnes peuplées de bouquetins, chamois et saïgas (caprinés, rupicarprinés et antilopinés).