La Bible accorde une place de choix à Babylone: à côté de l'Égypte, la Mésopotamie est l'autre grande puissance orientale qui a pesé sur le destin d'Israël tout au long de son histoire.
L'épisode clé est évidemment la prise et la destruction de Jérusalem par les armées du roi Nabuchodonosor II en 587, suivies d'une déportation en Babylonie où séjourne une partie significative de la population de Juda jusqu'à l'édit de Cyrus en 539 qui autorise les déportés à rentrer chez eux.
En fait, l'installation des juifs déportés en Babylonien donna naissance à une communauté pérenne qui devait atteindre plusieurs dizaines de milliers de personnes dans la seconde moitié du Ier millénaire av. J.-C. Tout en participant aux activités économiques locales, en particulier agricoles, les Juifs de Babylonie, qui avaient conservé leurs références religieuses, mais perdu leurs cadres politiques et leur lieu de culte, développèrent une mise en forme écrite de la Bible et une pratique de leur culte qui en fit la première religion du Livre.
En contact permanent avec les gens de Babylone, la communauté judéenne ne se fondit pas dans le creuset local mais conserva, voire développa, une forte identité ethno-culturelle, tout en introduisant dans la Bible un certain nombre de références majeures à la Mésopotamie, qualifiée de «pays des Chaldéens», depuis la mention d'Ur en Chaldée comme patrie de la famille d'Abraham jusqu'aux aventures romancées du prophète Daniel face au roi Nabuchodonosor II ou de Suzanne au bain.
La ville de Babylone apparaît dans ce contexte comme un lieu majeur de l'histoire de l'humanité avec l'épisode de la Tour de Babel qui rend compte de la diversité des peuples et des langues, à l'image du cosmopolitisme de la capitale impériale du VIe siècle av. J.-C. Mais dans la tradition culturelle et artistique occidentale, l'édifice est conçu de manière isolée, comme symbole de diversité des langues et comme un essai condamnable pour atteindre le ciel où séjourne la divinité: la tour est représentée en plein désert ou dans une ville contemporaine de l'époque des artistes et sa forme ronde s'inspire du minaret de Samarra et non des pyramides à étages que sont les ziggurats.
C'est également à Babylone que les penseurs du judaïsme virent des formes de culte polythéiste et fortement marqué par les représentations matérielles des divinités locales. Ils en développèrent une critique virulente, dans le corpus biblique, comme la Lettre de Jérémie, puis dans le Talmud de Babylone. Dans la Bible, la ville de Babylone est souvent personnifiée, sous une forme féminine, et se caractérise par un luxe tapageur et une immoralité foncière mais aussi la promesse d'un destin funeste lorsque Yahweh aura décidé de renverser le cours de l'histoire: en 539 av. J.-C. en effet, l'empire néo-babylonien fut conquis par les Perses et Babylone devint une simple capitale de province.