La vision chrétienne de Babylone que propose le Nouveau Testament est tout aussi critique que celle de la Bible, en particulier le Livre de l'Apocalypse, qui la décrit ainsi comme «la grande Prostituée de Babylone». Le Livre de l’Apocalypse assigne aussi à Babylone une fin funeste.
La tradition chrétienne d'obédience romaine reprend assez fidèlement cette vision négative de Babylone qui est présentée comme l'allégorie pervertie de la Rome impériale. Saint Augustin au IVe siècle oppose Babylone, la Ville du Diable à Jérusalem, la Cité de Dieu. Babylone est le lieu par excellence de la corruption de la société humaine livrée à elle-même
Le christianisme oriental, lui, s'insère dans une tradition plus complexe qui procède aussi des courants de pensée à l'oeuvre dans le monde iranien, en particulier chez les Zoroastriens et chez les Manichéens de l'époque sassanide (IIIe siècle ap. J.-C.) La tradition iranienne fait ainsi de Babylone la fondation d'un roi-dragon mythique, le maléfique Zahhâk, et c'est là que l'un de ses successeurs, Kaï kaus, lui-même ancêtre de Cyrus, aurait fait édifier un ensemble de sept palais, construits avec différents métaux, liés aux sept planètes du système solaire.