يذكر المؤرخ والجغرافي ابن الفقيه (القرن العاشر) أنه خلال أعمال البناء في المسجد ، اكتشف العمال كنيسة صغيرة تحت الأرض تحتوي على رأس القديس يوحنا المعمدان. ولدى علمه بهذا الاكتشاف قيل أن الخليفة الوليد أمر بدفن الرفاة المقدسة في الحرم، تحت عمود وغطي بالرخام ومن ثم سجّي في مقام ذي قبة. وتلقى هذه الرفاة تبجيلاً من قبل المسيحيين والمسلمين.

فيليكس بونفيس، ١٨٧٥.