Dans les échantillons archéologiques, l’ADN est présent en quantité infime, sous formes de petits fragments. Pour rendre possible leur analyse, ces fragments sont recopiés en plusieurs millions d’exemplaires au moyen d’une enzyme. Ils sont ensuite soumis à une réaction de séquençage, déterminant la position des différents nucléotides (A, C, G, T) le long du brin d’ADN.