À la Caune de l'Arago, la base du remplissage n'est connue que grâce aux carottages.
Cette partie se compose notamment d'un plancher stalagmitique daté de 700 000 ans environ. Les analyses palynologiques ont permis de montrer la présence d'une formation végétale essentiellement composée de Cupressacées, comme le genévrier, de pins, de chênes verts et de pistachiers. Cet enregistrement, bien que caractérisant une tendance locale méditerranéenne, témoigne néanmoins de l'existence d'un climat chaud mais plus humide que celui qui règne actuellement à Tautavel.
