Par ce décret impérial du 8 mars 1862, Napoléon III fonde le musée gallo-romain, très attendu de la communauté scientifique. Il est destiné à accueillir le fruit des travaux de la Commission de Topographie des Gaules et de ses correspondants : vestiges archéologiques, mémoires de fouilles, maquettes, moulages, ouvrages. Il est conçu à la fois comme un lieu de conservation, un espace pédagogique et un centre de recherche.
Son statut l'inscrit dans la deuxième conservation, ce qui implique qu'il est sous l'autorité du département des Antiques du musée du Louvre. Son premier conservateur-adjoint est Claude Rossignol, archiviste de la Côte-d'Or.