Gabriel de Mortillet décrit dans son guide Promenades au musée de Saint-Germain, publié en 1869, l'ensemble des salles ouvertes au public. Le second étage, dernier étage du musée, comprend la salle du Trésor, qui rassemble les objets les plus précieux dont le vase découvert à Alise et les collections de numismatique. Dans la salle suivante, sont exposées les collections lacustres, puis vient une salle consacrée à l'âge du Bronze et enfin la salle gauloise.