Gabriel de Mortillet décrit dans son guide Promenades au musée de Saint-Germain, publié en 1869, l'ensemble des salles ouvertes au public. L'entresol n'est pas achevé à la publication du guide. Si la première salle est déjà consacrée aux monuments épigraphiques et plus particulièrement à la mythologie gauloise, la seconde salle accueille temporairement les témoignages de la conquête romaine en Gaule. S'y retrouvent plusieurs maquettes, comme le plan d'Alise ou les reconstitutions de catapultes, ainsi que le matériel découvert lors des fouilles d'Alise-Sainte-Reine ou du mont Beuvray.