Le musée d’archéologie créé par Napoléon III le 8 mars 1862 porte officiellement le titre de « musée gallo-romain ». Cependant, les collections qu’il conserve vont rapidement dépasser la seule période gallo-romaine. C’est ainsi qu’il est également intitulé par les érudits du XIXe siècle : « Musée d’Antiquités Gauloises, Gallo-romaines et Mérovingiennes », « Musée celtique », et très souvent « Musée de Saint-Germain ». En 1870, Alexandre Bertrand, son directeur, propose l’appellation « Musée des Antiquités nationales » qui sera retenue peu après.

Depuis 2005, il porte le nom de « musée d’Archéologie nationale », l’acronyme MAN étant très fréquemment utilisé.