Le baptistère n'a plus connu de changements jusqu'à l'époque médiévale (Xe siècle) où l'ensemble qu'il forme avec l'église a été intégré au système de défense du site avec l'adjonction d'une tour pleine à l'ouest.
Cette partie du sanctuaire ne devait plus avoir la fonction liturgique pour laquelle il avait été conçu. Ce n'est que bien plus tard, dans le cadre de sa réutilisation (en mosquée ?) qu'il a connu une transformation importante mais inoffensive.
Remodelage du baptistère
Il s'agit de l'insertion dans le volume central, d'une voûte d'arête en moellons portée par quatre colonnes adossées dans un coin non loin de l'octogone. Les bases étaient encore en place dans les années 1980, les fûts, raccourcis, et les chapiteaux sont parqués à terre non loin. Les voûtains se prolongeaient dans les quatre angles obtus non pourvus de colonnes par des berceaux triangulaires.
La voûte était assez basse et n'occupait que la partie inférieure du tambour si bien que son extrados formait une terrasse au niveau des fenêtres hautes. L'ouvrage n'a presque pas altéré le monument et n'a laissé pour toute trace que l'empreinte de l'encastrement des éléments de coffrage de la maçonnerie formant des lignes courbes en pointillé.
