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Au XIIe siècle

Les victoires de Saladin (Salah al-Din) mirent un terme à la guerre et à l’insécurité dans le Massif Calcaire. La plaine de Dana est reconquise en 1135, le Massif en 1164. L’instauration sur la Syrie et l’Égypte du pouvoir ayyoubide en 1170, suivi de la prise de Damas en 1174 et de celle d’Alep en 1183 permirent aux musulmans d’unifier leurs territoires et leurs armées pour les tourner contre l’ennemi commun, les Francs. Saladin démonta le réseau des forteresses croisées en s’emparant des châteaux secondaires du Duché d’Antioche (Sahyun, Burzayh, Balatunus, Shughr-Bakas) et en les remettant à des chefs arabes. Le Massif Calcaire voit alors se multiplier les mosquées (à El Bara, de manière précoce, dès 1070 et 1103/4). Des bourgades islamiques se créent à Ma‘arret en No‘man, Sermin, Ma‘arret Masrin, Ruhin et sur beaucoup de sites qui ont livré des stèles funéraires écrites en arabe. Comme sur d’autres sites de la région, des graffiti en arabe et en syriaque existent à Qal‘at Sem‘an et à Deir Sem‘an, y compris sur des céramiques trouvées en fouille. La même prospérité se maintient à l’époque mamelouke. 

Au XVIe siècle

Qal‘at Sem‘an est habité par un chef kurde et constitue la frontière entre les terres kurdes et les terres arabes. C’est encore la situation au début du XXe siècle. La basilique est du martyrion est encore occupée par un dignitaire kurde, mais une famille arabe habite la zone du baptistère. Elle est expropriée lors de la restauration entreprise dans les années 1930.

À partir du XVIe siècle 

Les voyageurs se multiplient et la proximité du site de la ville d’Alep, véritable « port terrestre » alors en plein développement économique avec les états occidentaux, grâce au port d’Alexandrette et à son appartenance au marché unifié de l’empire ottoman. Des cercles de notables « multiculturels » se forment : de nombreux graffiti témoignent, au détriment des façades, du passage de ces familles à Qal‘at Sem‘an, notamment ceux des Marcopoli, dont l’un de ses membres se proclame, sur un des linteaux du monastère sud-est comme un « professionnal hermit ».

Le site, de plus en plus proche d’Alep au fur et à mesure du développement de cette ville et de ses banlieues, était l’un des lieux favoris des alépins et des villages alentour jusqu’à 2011. Les diverses administrations d’Alep, les sociétés savantes, les communautés chrétiennes, en contact étroit les unes avec les autres, veillaient, dans la mesure de leurs moyens et de leurs pouvoirs, sur ce site, l’un des plus visités de Syrie par les syriens de toutes communautés et par les touristes.