Eu égard à l'extrême prodigalité du site malouin, il est apparu dès 1999 que la conservation des objets de la Natière devait être confiée à des laboratoires de traitement aptes à prendre en charge la totalité de la collection archéologique. L’équipe s’est donc naturellement tournée vers les deux plus importants laboratoires de conservation et de restauration français, les laboratoires Arc'Antique, à Nantes, et Arc-Nucléart, à Grenoble. Ces structures ont permis, dès 1999, de disposer d’espaces de stockage pour abriter la première partie de la collection archéologique alors en attente de mise en dépôt et de traitement. 

Le projet de fouille a également conventionné avec ces deux laboratoires afin, d’une part d’accueillir des stagiaires venus chercher sur le terrain un prolongement à leur formation théorique, d’autre part de fournir des vestiges archéologiques ciblés susceptibles d’alimenter les projets de recherches entrepris par ces laboratoires. 

Le traitement et la restauration des objets en cuir ont, par ailleurs, été réalisés par Céline Bonnot-Diconne, à l’origine au sein du laboratoire Arc-Nucléart, puis dans le cadre de son propre laboratoire de traitement 2CRC, à Moirans.