En las muestras arqueológicas, el ADN se encuentra en cantidades mínimas, en forma de pequeños fragmentos. Para poder analizarlos, estos fragmentos se copian en varios millones de ejemplares por medio de una enzima. Posteriormente, se someten a una reacción de secuencias que determina la posición de diferentes nucleótidos (A, C, G, T) a lo largo de la cadena de ADN.