Il est admis que la topographie interne de Babylone a subi un profond changement à l'époque perse. Hérodote raconte dans ses Histoires qu'au V^e siècle av. J.-C., le fleuve divise toujours Babylone en deux parties, mais que le palais royal et le « temple de Zeus-Bel » se trouvent alors sur deux rives différentes.